Der Begriff "Transportprotein" ist relativ unscharf definiert. Man könnte darunter Proteine wie Hämoglobin verstehen, das Sauerstoff über die Blutbahn von der Lunge zu den Geweben im Körperinnern transportiert.
Man könnte unter diesem Begriff aber auch Ionenkanäle oder Carrierproteine in der Membran der Zellen verstehen, beispielsweise spannungsgesteuerte Na+-Kanäle im Axon von Nervenzellen oder Glucose-Transporter, die Glucose-Moleküle in das Innere von Zellen transportieren. Auch Ionenpumpen (zum Beispiel die Natrium-Kalium-Pumpe) würden dann zu den Transportproteinen gehören.
Eine völlig andere Bedeutung haben bestimmte Coenzyme, die zum Transport von Atomgruppen innerhalb der Zelle eingesetzt werden. Die wohl bekanntesten Beispiele sind hier ATP (Transport von Phosphat-Gruppen), NADH, NADPH sowie FADH2 (Transport von Elektronen und Protonen) sowie Acetyl-Coenzym A (Transport von Acetyl-Gruppen). Einzelheiten dazu siehe "Transport-Moleküle" in diesem Lexikon.