Unter der Gelelektrophorese versteht man ein Trennverfahren für Aminosäuren, Peptide, Proteine und kurze DNA- oder RNA-Stücke.
All diese Moleküle tragen elektrische Ladungen. Peptide und Proteine können positiv geladen sein, wenn basische Aminosäuren überwiegen, oder auch negativ, wenn säure Aminosäuren dominieren. Nucleinsäuren sind stets negativ geladen, wegen der vielen Phosphatgruppen im Rückgrat dieser Makromoleküle.
Die Auftrennung der Verbindungen erfolgt dann in einem elektrischen Feld. Positiv geladene Moleküle wandern zum Minuspol, negativ geladene zum Pluspol. Dabei müssen sich die Moleküle durch ein Trägermaterial hindurcharbeiten, das bei der Gelelektrophorese aus einem puddingartigen Gel besteht, in dem sich winzige Poren befinden. Je größer die Moleküle sind, desto langsamer gelangen sie durch diese Poren zum Plus- oder Minuspol der Apparatur. Kleine Moleküle schaffen das am schnellsten. Auf diese Weise kann man lange DNA-Fragmente von kurzen DNA-Fragmenten trennen, oder lange Proteine von kurzen, oder positive Aminosäuren von neutralen und negativen.
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